تأسس الفرع مع تأسس الكلية في عام 2020 . حيث يقدم الفرع من خلال المناهج الدراسية الحديثة المعتمدة المفاهيم الاساسية للادوية من الية العمل الفسلجي و الكيمياء الحيوي و علاقة التركيب الكيميائي بالفعالية و الخصائص القاعدية والحامضية، الخصائص الفيزيائية، الامتصاص، الانتشار في الجسم، الايض، الطرح من الجسم و اضافة الى تأثير تغير المجاميع الفعالة في المركبات الكيمياية على السمية.
يهتم الفرع بدراسة المواد الكيميائية ذات العلاقة بالصيدلة والطب وتطويرمهارات طلبة كلية الصيدلة بمايتعلق بالتصميم الدوائي من خلال استعمال برامج خالصة بتصميم الادوية و توقع الموصفات الحيوية اضافة الى البرامج المحكاة الأقتران بين المركب الصغيرة مع المستقبلتها داخل الجسم في مجال الكيمياء الصيدلانية، وتزويدهم بالقدرة والمهارات لاكتشاف وتطوير الادوية من خلال المعرفة الكاملة من حيث تحضيرها، تحليلها، تركيبها، وفعاليتها الدوائية والحيوية لاكتساب القدرة على تقييم جودتها وسلامتها وفعاليتها. يركز الفرع على اكتشاف الادوية وتطويرها من المنتجات الطبيعية وتواجدها في الطبيعة واستخراجها والتعرف عليها. يوفر الجزء العملي اساسيات صناعة واستخراج والتعرف على الادوية بنوعيها، المنتجات الطبيعية والمصنعة كيميائيا.