تأسست كلية الطب في أيلول 2001 بناءا على الأمر الوزاري المرقم ت م 2/4928في 22/9/2001 وهي من الكليات الحكومية وباشرت ككلية طبية ثانية تابعة لجامعة الموصل. بدأت الكلية باستقبال الوجبة الأولى من طلابها في عام 2002 حيث كانت تحتل مساحة صغيرة من بناية كلية طب الموصل. وانتقلت إلى مبناها الحالي داخل الحرم الجامعي لجامعة الموصل في حزيران 2010. وبعد تأسيس جامعة نينوى في شباط 2013 بالقرار البرلماني المرقم 2/2014 في 3/2/2014 تمت الموافقة على نقل الكلية الى جامعة نينوى. وبعد اكتمال مشاريع ابنية الكلية في مجمع جامعة الموصل, اصبحت الان ابنيتها الحديثة تمتد على مساحة 10000 متر مربع تضم ابنية وقاعات حديثة ومؤثثة تضم الاقسام والمختبرات الاكاديمية والابنية الادارية والساحات الترفيهية
تتبع الكلية النموذج الطبي التقليدي المتبع في كليات الطب في العراق وهو 3 سنوات يقضيها الطالب في تعلم العلوم الاساسية للطب يتبعها 3 سنوات يقضيها في تعلم العلوم السريرية. تمنح كلية طب نينوى شهادة البكالوريوس في الطب والجراحة العامة M.B.Ch.B ,لا يتوفر في الكلية حاليا برامج الدراسات العليا , الا انها تطمح أن تقدم تلك البرامج بعد اكتمال كادرها التدريسي وسد الشواغر واكمال المتطلبات الاكاديمية.
ولقد ارتفع عدد الطلاب المقبولين في الكلية من 75 طالب وطالبة في دورتها الاولى ليصل الى 1401 طالبا وطالبة حتى عام 2018, ووصل عدد خريجينا الى 560 خريج حتى عام 2018 يقدم معظههم الخدمات العلاجية في وزارة الصحة والبعض التحق بالكلية ليكون في هيئتها التدريسية المتنامية.