هو أعلى سلطة علمية وإدارية في الجامعة وترتبطت بالسيد رئيس الجامعة يديرها أمين المجلس الذي يقوم بتهيئة أعمال اجتماع مجلس الجامعة والذي تتم مناقشة مواده وفقراته أثناء انعقاد اجتماع مجلس الجامعة وإعداد محاضر مجلس الجامعة وتوثيقها ومتابعتها واستلام محاضر مجالس الكليات ومركز علوم البحار ورفعها إلى رئيس الجامعة للمصادقة عليها وإبلاغ الكليات بالمصادقة على محاضر مجالسها لتقوم بتنفيذ ما تم أقراره والمصادقة عليه واستلام محاضر مجالس الجامعات العراقية كافة وإرسال محاضر جامعة نينوى أليها ومتابعة القرارات المتخذة من مجلس الجامعة ومجالس الكليات.
