لقد تم اختيار شعار لجامعة نينوى مستوحى من تاريخ المدينة حيث يتوسط الشعار بوابة نركال لسور عاصمة الدولة الآشورية ( نينوى), ولكون اسم الجامعة يحمل هذا العنوان التاريخي القديم من عمر المدينة والمعروف على المستوى العالمي. كما تم تثبيت تاريخ تأسيس الجامعة في اسفل طرفي البوابة وبالتاريخ الميلادي والهجري.
في أعلى الشعار تم اختيار الآية الكريمة (اقرأ وربك الأكرم) لما تتضمنه من معاني كبيرة في وجوب كسب العلم والمعرفة, فالفعل اقرأ في الآية الكريمة يفيد أولا إلى الأمر بالتعلم وهي الخطوة الأولى في الحصول على المعرفة وصولا بعد ذلك إلى مرحلة التبليغ والتعليم للآخرين وكل ذلك يكون بمساعدة ومساندة الأكرم أي الباري عز وجل خالق كل شيء. وقد أخذت هذه الآية شكلا هلاليا في اعلى الشعار, كما استخدم الخط الكوفي في كتابة اسم (جامعة نينوى), وهو من الخطوط التي استخدمت في كتابة الآيات القرآنية ونسخ القران الكريم قبل القرن الرابع الهجري وامتدت خطوط أحرف الجامعة لتحتضن محتوى الشعار من الحكمة والتاريخ.
اللون الترابي والبني هو اللون الغالب في الشعار وهو لون هادئ محايد يرمز إلى المكانة والموثوقية, كما تم اختيار اللون الأخضر في كتابة اسم الجامعة وهو من الألوان الدالة على السلام والتجديد والنمو والعطاء. كما تم اختيار علم لجامعة نينوى بألوان مستوحاة من لون الشعار ويكون بشكل مستطيل يبلغ عرضة ثلثي طوله ومقسم بشكل قطري إلى نصفين يكون الجزء العلوي بلون ابيض والجزء السفلي بلون أخضر لما يحمل هذا اللون من معاني سبق الإشارة اليها في شعار الجامعة وقد تم وضع شعار الجامعة في الزاوية اليمنى العليا من العلم.